Covid-19, la nostra accurata guida al virus “for dummies”

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Il virus causa della Co-vid-19 ha cambiato le nostre vite, e l’umanità intera si trascinerà l’eredità della prima pandemia del mondo moderno per anni, se non decenni.

Per ciò che concerne il nostro paese, però, dalla piccolezza dei suoi 150 nm (10^9 volte in meno di un metro), il Sars-Cov-2 ha scoperchiato un vaso di Pandora di confusione, disinformazione, e, soprattutto, ignoranza acquisita o colpevolmente manchevole che dovrebbe provenire dalle scuole medie.

Ignoranza che si è palesata nel sempiterno terrore, erede della Guerra Fredda e dunque radicato più nei cosiddetti appartenenti alla Generazione X/Boomers, nello spettro della guerra biologica: ecco, là, che dai recessi di Facebook, di gruppi chiusi e quasi-massonici, che il signor Rossi se ne esce con un’emozionante ipotesi di ingegneria genetica e proteica, di misteriosi studi cinesi, di scienziati colpevoli e alienati dal regime, che hanno sviluppato l’arma delle armi.

Un virus che potrebbe causare, probabilmente, prima del rischio di morte quello di annichilimento dell’umanità, la più grande crisi economica dal 1927

Un virus, però, in sostanza, cos’è? Si definisce virus, secondo la nozione tradizionale e non revisionata nel 1990 da Rybicky [1], un’entità patogena infettiva, capace di riprodursi solamente in presenza di un’ospite. In sostanza, più di un parassita: più intimo, per fare un paragone, della tenia e degli ascaridi. Un virus, infatti, non è altro che una scatola a più strati, una matrioska: all’esterno, un’envelope lipidica e zuccherina (=grassi), della quale si avvale per confondere l’organismo da sfruttare, che ricopre una resistentissima struttura proteica, il capside. All’interno, come un codice informatico, pura informazione.

Coronavirus

Parlo di informazione perché, al contrario delle entità viventi sensu strictu, quali, ad esempio, un semplice essere unicellulare come un paramecio

Un virus possiede, nel silenzio assordante della scatolina, solamente acidi nucleici – banalmente, RNA o DNA. Ci sono virus che possiedono informazione (in gergo tecnico, genoma) composta di DNA, esattamente come noi, o a RNA, che è molecola pre-esistente al DNA, più antica e dal quale probabilmetne deriva. Ciascun genoma si differenzia da un altro per la combinazione di lettere che lo compone; ed è anche ciòche differenzia, banalmente, un essere umano da un altro. Queste lettere sono solamente 4, e diversamente rimescolate (Adenina, Citosina, Timina, Guanina), vanno a comporre un’informazione differente. Ciascuna specie di virus, esattamente come ciascuna specie animale, ha una combinazione di lettere differente.

Il virus Sars-Cov-2 – che, per la precisione, è CAUSA della malattia Covid19 – ha avuto un’origine oscura

Prima si sono innalzati generici “cinesi” a untori del mondo, ad assassini della vita selvaggia, mangiatori di pangolini e scimmie, bollitori di pipistrelli. Poi, solo sbollita la rabbia, il signor Rossi è andato a rimestare nel torbido della fantascienza di bassa lega tirando fuori la geniale idea dell’ingegneria genetica.

Ecco. Ora. Finalmente, i signori Andersen, Rambaut, Lipkin, Holmes e Garry, provenienti dal Scripps Research Translational Institute, La Jolla, CA, USA, hanno fornito una sensata, elegantemente composta, facilmente e scorrevolmente enunciata, risposta a tanti urlatori che, purtroppo, di biologia non capiscono assolutamente nulla.

Come ho detto poco fa, i virus utilizzano una chiave (che per i curiosi si chiama Receptor Binding Domain, montata sopra una struttura chiamata “spike”)  – una passaporta, per i più Potterhead – per infettare le cellule che sfrutteranno per la propria riproduzione: nel caso del Sars-Cov-2, la proteina ACE2 è la porta utilizzata, fra le molte disponibili sulla superficie di una cellula di mammifero, dal virus per entrare. ACE 2 è un enzima (che, di nuovo, per i più curiosi ha la funzione di regolare la pressione arteriosa), ossia una piccola macchinetta in grado di rendere praticamente possibile una reazione chimica, incastrato all’interno della membrana esterna di una cellula. Essendo così esposto, la passaporta di SARS-Cov-2 ha vita facile. Peraltro, nelle persone che soffrono di, banalmente, pressione alta, l’incidenza della Covid19 risulta essere più alta: ciò per via dei farmaci utilizzati per trattare tale condizione. [3]

Ora. Il meccanismo utilizzato da SARS-Cov-2 non è nulla di rivoluzionario

È usato fin dagli albori della vita, dai patogeni. Perché, banalmente, si tratta dell’interazione di due proteine. E due proteine possono interagire con più o meno forza: gli esseri umani, nel corso dei decenni – e grazie ai supercomputer della Silicon Valley – hanno imparato a predire in modo più o meno affidabile come due proteine interagiranno. Le proteine sono a loro volta composte da mattonici chiamati aminoacidi (in modo simile al DNA, composto da A,T,C,G), e le combinazioni di tali 21 molecole crea una diversità più o meno infinita. Infiniti sono i modi in cui la natura più mescolare, reimpastare, un materiale duttile come una proteina.

Ed è la “forza d’interazione” fra la passaporta di un virus e la sua porta ciò che – prestate attenzione – permette l’infezione in sé. Il Sars-Cov-2 non aveva mai infettato umani, ma solo pangolini e pipistrelli, perché gli aminoacidi che compongono la sua chiave, l’RBD, non legavano ACE 2 con abbastanza energia.

Si definisce, dunque, salto evoluzionistico ciò che il Sars-Cov-2 ha compiuto – evolvendosi a zoonosi

E no, no, no, no, noi esseri umani non siamo capaci di causare, o dare una spintarella, a una cosa simile. Le analisi computazionali (si definiscono così i software di predizione d’interazione) avevano predetto un comportamento totalmente differente, una combinazione di aminoacidi totalmente differente [4,5].

E tali sistemi, non c’è trucco non c’è inganno, sono stati sviluppati con sforzo collettivo globale nel corso dei decenni: e no, non c’è rischio che i cinesi – misterioso, nascosti in malsani laboratori sotterranei – abbiano avuto le risorse per sviluppare sistemi alternativi.

Inoltre, tale sequenza di aminoacidi che forma RBD, la passaporta, ha subito un hacking così geniale che, sfido, nessun biotecnologo avrebbe mai potuto pensare. È comparso, ad un certo punto, un sito di taglio. Sì, perché le proteine possiedono, spesso, delle specifiche sequenze di aminoacidi che sono come le linee tratteggiate laddove si debba tagliare; le forbici sono chiamate proteasi, anch’esse proteine. Una proteasi ubiquitaria è la furina. Beh, a metà RBD, il SARS-COV-2 ha sviluppato un sito di taglio per la piccola furina, una linea tratteggiata, che, presumibilmente, ne aumenta l’infettività.

Vi ho parlato prima del “vestito” di un virus: l’envelope. Quella di Sars-Cov-2 è fatta di glicani, banalmente zuccheri, e scherma perfettamente al sistema immunitario il capside sottostante: anche qui, nulla di rivoluzionario, ma di una fattura che nessun chimico e nessun supercomputer avrebbe potuto predire.

In sostanza, la prima pandemia del mondo moderno si deve semplicemente ad una gigantesca sfortuna

Una pandemia che sarebbe passata inosservata, esattamente come lo fu quella dell’encefalite letargica durante la prima guerra mondiale; e a tal proposito, tanto per ricordare che non c’è nulla di nuovo sotto al sole, vi invito a leggere questa splendida review [6]. Il mondo moderno ci ha permesso di avere tutta la conoscenza del mondo nel palmo di una mano: impariamo a sfruttarla.

Di Giulia Della Pelle

Riferimenti bibliografici

1.          Rybicki, E. The classification of organisms at the edge of life or Problems with virus systematics. 1987, 182–186.

2.          Neuman, B.W.; Adair, B.D.; Yoshioka, C.; Quispe, J.D.; Orca, G.; Kuhn, P.; Milligan, R.A.; Yeager, M.; Buchmeier, M.J. Supramolecular Architecture of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Revealed by Electron Cryomicroscopy. J. Virol. 2006, 80, 7918–7928.

3.          Fang, L.; Karakiulakis, G.; Roth, M. Are patients with hypertension and diabetes mellitus at increased risk for COVID-19 infection? 2020.

4.          Wan, Y.; Shang, J.; Graham, R.; Baric, R.S.; Li, F. Receptor recognition by novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade-long structural studies of SARS. J. Virol. 2020, 94.

5.          Andersen, K.G.; Rambaut, A.; Lipkin, W.I.; Holmes, E.C.; Garry, R.F. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nat. Med. 2020, 1–3.

6.          Uribe, C.S.; González, A.L.; González, P. Von Economo’s encephalitis lethargica and the Spanish flu pandemic in Bogotá and Medellín (Colombia): An historic review one hundred years after. Biomedica 2019, 39, 8–16.

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